بدأت الانشطة البحثية لمكتب التبليغ والارشاد الاسلامي فرع اصفهان وبشكل رسمي سنة 1383 هـ ش 2003م  تحت إطار "معاونية البحث والدراسات". وقد تكفلت المعاونية بمجموعة من المهام والأهداف البحثية والتحقيقية من قبيل تمهيد الارضية لتنشيط العمل البحثي الحوزوي، وتطوير وتعزيز ثقافة البحث في هذه الحوزة العريقة، إجراء بحوث أساسية وتنموية اعتمادا على مصادر مدرسة أصفهان العلميّة، توفير الخدمات العلمية التحقيقية للأشخاص المهتمين بالشأن المعرفي وتلبية احتياجات ومتطلبات الباحثين في مجال العلوم والمعارف الإسلامي.
مع تطور الأنشطة البحثية وتراكم أكثر من عقد من الخبرة والمعرفة التنظيمية في هذا الاتجاه، وكذلك تغيير منهج مكتب التبليغ والارشاد الإسلامي، من الوظيفة المحورية إلى محورية المسألة تبدل عنوان المعاونية وهيكلتها إلى "مركز أصفهان للدراسات الإسلامية"، قام المركز استنادا الى القرار الصادر من "لجنة الابحاث التابعة للمعاونيّة" بتاريخ 4 ديسمبر 1991م بالعمل لتحقيق الاهداف المرسومة عن طريق مجموعات البحث الأربع "الأخلاق" و "الأديان" و "الفلسفة والكلام" و "الفقه والقانون" والقيام بأنشطة بحثية جديدة.
من خلال هذه الخلفية، ظهرت فكرة الحاجة إلى إنشاء فرع تحقيقي وبحثي تابع لمعهد العلوم والثقافة الإسلامية، والتأكيد على السياسات الموجودة والرائجة والأصول الفكرية والثقافية والمتطلبات العلمية والدينية لمدينة أصفهان، ووضعه على جدول أعمال مجلس البحوث التابع لمركز الدراسات الإسلامية، ووفقًا لمهمة الأقطاب وتاريخ الأنشطة والقدرات والظروف والمرافق المتاحة، تحول  المركز منذ نهاية عام 1395 شمسي وبمحورية مسائل وشؤون الأسرة، الى "أكاديمية الالهيات والأسرة" ضمن ثلاث مجموعات بحثية هي "مجموعة الدراسات الأسرية"، "مجموعة الأخلاق الاجتماعية " و"مجموعة الالهيات المقارنة".
مهمة أكاديمية الالهيات والأسرة:
دراسة وبحث عملية تنمية وتطوير علم وثقافة "الأسرة الإسلامية" من منظور بنيوي وأخلاقي ولاهوتي.
الاهداف طويلة الأمد:
- الفهم العلمي للقضايا ذات الصلة وتحديد أولويات البحوث من خلال تقييم الاحتياجات
- تحديد مكامن الخلل والاضرار وطرق حل المشكلات ذات الصلة من وجهة نظر العلم والدين.
- إعداد وتوفير النماذج العلمية المناسبة لقضايا الأسرة.
- الإجابة عن الشكوك والأسئلة العلمية والتحديات الموضوعية في مجال القضايا ذات الصلة بشؤون الأسرة.
- نقد المدارس والآراء والتيارات الفكرية المعارضة للأسرة.
- تعزيز نسبة التفاعل والتواصل العلمي بين الفروع والتخصصات التي تعنى بشأن قضايا الأسرة.
الاهداف قصيرة الأمد:
1. دراسة ووضع التصاميم والمناذج الشاملة لنظام الأسرة مع التركيز على أنماط العلاقة بين الزوجين برؤية دينية.
2. دراسة الأرضية، الآثار والحلول المساعدة لمعالجة القضايا ذات الصلة بالأسرة من منطلق الأخلاق الاجتماعية، وخاصة عامل الصدق.
3. تحليل وجهات النظر الدينية (اللاهوتية) حول قضايا الأسرة في الأديان، المذاهب، والمدارس والتيارات الفكرية.
المجاميع البحثية:
أ) مجموعة الدراسات الأسرية.
ب) مجموعة الأخلاق الاجتماعية.
ج) مجموعة الإلهيات المقارنة.